پس از عزل بنیصدر در ۳۱ خرداد ۱۳۶۰، مردم برای انتخاب رییسجمهور جدید آماده میشدند. مجموعاً هفتاد و یک نفربرای انتخابات ثبت نام کردند که شورای نگهبان از بین آنها صلاحیت چهار نفر یعنیعباس شیبانی، علیاکبر پرورش، حبیباللّه عسکراولادی و محمدعلی رجایی را تأیید و در تاریخ یکشنبه ۲۱ تیر ۱۳۶۰ رسماً اعلام کرد.
***
در سال ۱۳۵۷، پس از آزادی از زندان شهید باهنر و شهید بهشتی، به همراه برخی شخصیتهای دیگر نسبت به تشکیل حزب جمهوری اسلامی اقدام نمودند و مرامنامه و اساسنامه آن را تهیه کردند و بدینوسیله تشکیلات حزب جمهوری اسلامی رسماً فعالیت خود را آغاز کرد. نقش شهید باهنر در حزب بسیار تعیین کننده بود و در همه کارها با وی مشورت می شد. پس از شهادت شهید بهشتی در فاجعه خونین انفجار دفتر مرکزی حزب در هفتم تیر ماه سال ۶۰، شهید باهنر به دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی انتخاب شد و این مسوولیت را تا زمان پذیرش پست نخست وزیری به عهده داشت.
***
دومین انتخابات ریاستجمهوری در ۲ مرداد ۱۳۶۰ برگزار شد. شورای نگهبان در تاریخ ۱۰ مرداد۱۳۶۰ صحت انتخابات را تأیید و اعلام کرد که رجایی با اکثریت مطلق آراء اخذ شده، به عنوان رییسجمهور انتخاب شده و این انتخاب مورد تأیید آن شورا میباشد. در همین روز وزارت کشور تأییدیه شورای نگهبان را بهاطلاع امام خمینی(ره) رساند و روز ۱۱ مرداد ۱۳۶۰ همزمان با عید فطر در حسینیه جماران، امام خمینی(ره) حکمریاستجمهوری رجایی را تنفیذ کردند.
شهید رجایی در۱۲ مرداد ۱۳۶۰ در جلسه علنی مجلس شورای اسلامی، مراسم تحلیف را به جا آورد و پس از آن درمجلس شورای اسلامی دکتر محمد جواد باهنر را به سمت نخست وزیر منصوب و به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد. شهید رجایی مجموعا ۲۸ روز به عنوان رییسجمهور خدمت نمود و در ۸شهریور همان سال توسط منافقین به شهادت رسید.
***
متاسفانه کابینه شهید رجایی مدت زمان زیادی نتوانست به حیات خود ادامه دهد و در تاریخ هشتم شهریور سال ۱۳۶۰، منافقان، دفتر ریاست جمهوری را منفجر کردند و در نتیجه، رییس جمهور و نخست وزیر به شهادت رسیدند.